在法律规定的时间期限之内向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁在劳动争议发生后，劳动者一定要在争议发生之日起六十日内向仲裁委提出书面申请。

虽然这一规定不合理，但在劳动法没有修改之前，申诉人还是要按照这一规定的要求执行的。超过六十日的话就会丧失实体权利。这样的话，即使进入诉讼程序也得不到法院的支持。

公司被员工申请劳动仲裁只是解决劳动纠纷的一种法定方式，被申请，申请都是法定的权利与程序义务。被申请了也不会影响公司的证信力，并不能说明公司就有违法与不良行为，不会因此纳入黑名单或受到什么处理。最多是上级主管机关因为劳动纠纷过多，提示公司加强管理和公司的约束机制建设，构建和谐的劳资关系。

《劳动争议调解仲裁法》第五条，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

劳动仲裁只是一种解决劳动争议的法律途径，进行劳动仲裁不会有什么不好的影响。

劳动纠纷胜诉率在仲裁阶段是比较均衡的，在一审阶段劳动者胜诉较多，而在二审阶段用人单位胜诉较多。总体而言，仲裁到诉讼的改判率为不到50%，而一审到二审的改判率仅为5%左右。对于解除劳动合同纠纷一审改判律不到50%，不能胜任的情况一审改判率较高。

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