以补充协议为准。合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。

《民法典》第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。

法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。

第五百四十四条 当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

顾名思义，补充协议应当是主合同一部分。如果补充协议里面的主体发生变化，根据合同的相对应，那么权利义务的主体发生变化了，就是新的协议了。新的协议也许有法律效力，但是与原来的合同就没有关系了。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

（一）主合同与补充协议

主合同与补充协议一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充协议，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充协议的编号往往是以主合同为依托而表达的，如__号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充协议这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

（二）补充协议的效力

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

（三）补充协议与合同变更

补充协议对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。

补充协议对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。

比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充协议。

这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。

以上就是找法网小编为您详细介绍关于主合同与补充协议发生冲突如何执行的相关知识，补充协议是对原合同的补充或者变更，如果发生冲突，应以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款除外。如果您还有其他的法律问题，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您解答疑惑。