如果根据新刑事诉讼法第五十六条的规定，当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。申请时间可以确定是在审判阶段，但具体在一审、二审程序，法律没有明确的规定。

个人看法：在我国目前司法资源非常有限的情况下，必须突出诉讼效率的地位，允许被告人在二审程序中提起非法证据排除程序，对于被告人来说，由于上诉不加刑原则，被告人不必担心公诉方的报复，则会出现被告人故意利用非法证据排除申请扰乱法庭调查秩序的现象。

非法证据排除规则适用规定是审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。

（一）程序启动。在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。

（二）法庭初步审查。程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查;对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。

（三）控方证明。公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。

（四）双方质证。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。

（五）法庭处理。法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证;否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。

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