根据《刑事诉讼法》第一百四十条第四款规定作出的不起诉决定，应视为对案件作出了无罪的决定。检察机关在批捕时即便有部分可以证明有罪的证据，但如果在起诉时仅凭这些证据仍不能证明犯罪嫌疑人有罪，并作出不起诉决定的，在法律上不能认定有罪，应按无罪处理。对没有犯罪事实的人采取了拘留、逮捕等强制措施，就是侵害了公民的人身自由权利，根据《国家赔偿法》的规定，国家应当给予赔偿。检察院存疑不起诉的案件当事人申请国家赔偿，应当依法启动国家赔偿程序。检察机关的不起诉可分为三种情形：（一）犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的不起诉，称为“绝对不起诉”（或“法定不起诉”）;（二）依法不需要判处刑罚或免除刑罚的不起诉，称为“相对不起诉”（或“酌定不起诉”）;（三）证据不足不符合起诉条件的不起诉，称为“存疑不起诉”（或“疑案不起诉”）。

存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第二百八十七条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第一百四十条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

正当防卫的案件中因为当事人作出了伤害加害人的行为而被检察院起诉，但是检察院在最后的调查中因为存在太多的疑问和缺少正确就没有办法直接正当防卫的公民进行公诉，此时作出不起诉的决定之后就不能再继续关押或者其他方式控制当事人了。

存疑不起诉不代表是无罪。一般来说，存疑不起诉，案件在检察院阶段就结束了，而无罪判决是案件公诉到法院，作出的无罪判决，所处的阶段不一样，作出的机关不一样。

而且不起诉并不一定意味着无罪，在刑法之相关规定里面不起诉存在三种情况：

（一）法定不起诉：存在于下列六种情况：

1、实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的。

2、犯罪已过追诉时效期限的。

3、经特赫令免除刑罚的。

4、依照刑法属于告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。

5、被告人死亡的。

6、其它法律、法令规定免予刑事处罚的。在这种情况下是无罪的，也没有记录。

（二）酌定不起诉是说对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这样并不意味着无罪，而只是犯罪情节轻微可以不追究刑事责任。

（三）一般来说存疑不起诉就是指没有足够证据证明犯罪成立的。在这种情况下一旦证据充足，检察机关还可以再次起诉，这种无罪是相对且暂时的。

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