深圳市加班费计算方法是：工作日加班：小时加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷(月计薪天数21.75×8小时)×1.5; 休息日加班：小时加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷(月计薪天数21.75×8小时)×2; 法定休假日;日加班工资标准=劳动合同规定的月工资标准÷(月计薪天数21.75×8小时)×3。 劳动合同规定的工资标准，是指劳动合同规定的劳动者本人所在的岗位(职位)相对应的工资标准。即劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，不包括年终奖，上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴，中夜班津贴、夏季高温津贴、加班工资等特殊情况下支付的工资。

加班不给加班费协商不成的可以选择仲裁等方式解决，如果用人单位安排劳动者加班不给加班费属于违法行为，应承担法律责任。法律快车提醒您，如果没办法和用人单位协商解决的，可以向劳动监察大队投诉、向劳动仲裁委员会申请仲裁。

找法网提醒您，根据《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

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加班费要扣税，加班费属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。

《个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。